Здравствуйте!
Дети должны быть арегистрированы по месту фактического проживания с одним из родителей.
Если они будут жить с отцом, значит снимать их с регистрационного учета не следует.
Не совсем понятно, о каком обмене идет речь?
Взамен доли в этой квартире муж дает Вам долю в другой квартире?
В любом случае, если дети проживают с Вами, то и регистрировать их необходимо по Вашему месту жительства (регистрации).